W pierwszych latach po założeniu Uniwersytetu Viadrina, w roku 1506 we Frankfurcie nad Odrą nie było jeszcze biblioteki. Podstawą jej powstania stały się zbiory prawnika Siegfrieda Uttensberger, który po śmierci w 1516 roku zapisał na rzecz uniwersytetu swoje książki w testamencie. Biblioteka Uniwersytecka we Franfurcie (n. Odrą) była pierwszą i długi czas także jedyną biblioteką publiczną  w Brandenburgii. Ze względu na skromny i niewystarczający  na potrzeby biblioteki budżet, ówczesna polityka gromadzenia zbiorów pozostawiała wiele do życzenia. Swój powiększający się księgozbiór biblioteka zawdzięczała przede wszystkim profesorom przekazującym własne zbiory jako dary lub zapis. W tamtych czasach podobna sytuacja panowała również w innych bibliotekach szkół wyższych. I tak jak one, także Biblioteka we Frankfurcie nie chciała konkurować z prywatnymi zbiorami książek nauczycieli akademickich. Swój księgozbiór starała się uzupełniać o ważne lub trudno dostępne dzieła, o dawną literaturą i wartościowe rękopisy, a także o liczne prace akademickie (dyskusje, wykłady okolicznościowe i.t.p.). W ten sposób powstał w ciągu lat zbiór rzadko spotykanych dziś gdzie indziej dzieł od XVI do XVIII wieku o znaczeniu ponadregionalnym. Z latami wielkość księgozbioru osiągnęła liczbę około 25000 tomów, co jak na owe czasy zaliczało ją do średniej wielkości biblioteki. Dla porównania: w tym samym czasie największa niemiecka biblioteka uniwersytecka w Getyndze posiadała zbiór wielkości ponad 200.000 tomów.

 

Stanowisko biblitekarza przekazywano zwykle profesorowi historii. Jedną z ważniejszych postaci pracujących w Bibliotece był wszechstronny uczony Johann Christoph Beckmann (1641-1717). Pracował on od 1667 w Katedrze Języka Greckiego, a krótko później objął  dodatkowo stanowisko profesora historii, polityki i teologii. Od 1676 aż do swojej śmierci w 1717 roku był również bibliotekarzem uniwesyteckim.  Beckman w trakcie swojej wieloletniej podróży studyjnej poznał wiele bibliotek. Zebrane doświadczenia wykorzystał w swojej pracy we Frankfurcie. W szczególności słynna biblioteka w Oxfordzie służyła mu jako wzór przy pracach katalogowych i nowej organizacji Biblioteki. 

 

Przy przeniesieniu Uniwersytetu w 1811 roku do Wrocławia przeniesiono także Bibliotekę Uniwersytecką, która stała się podstawą nowo utworzonej  wrocławskiej "Biblioteki Królewskiej i Uniwersyteckiej". Z kolei ta biblioteka dała podstawę do utworzenia po drugiej wojnie światowej polskiej "Biblioteki Uniwersyteckiej we Wrocławiu". Dział Starych Druków tejże biblioteki posiada dzisiaj 311.000 tomów, wśród których znajdują się resztki zbioru byłej Biblioteki Uniwersyteckiej we Frankfurcie (n. Odrą).